Após as Cortes de Lisboa de 28 de Janeiro de 1641, foi mandado instaurar Escola designada por "Lição de Esquadria e Artilharia" por El-Rei D. João IV, junto ao Paço da Ribiera.

Esta ecola destinava-se a preparar os quadros do Exército. Mais tarde, passou a designar-se por "Aula de Fortificaçãpo e Arquitectura Militar" e as suas instalações foram transferidas para o Paço da Ribeira das Naus (1647).

Em 1755, com o terramoto, a então designada "Academia Militar da Corte" instalada no Terreiro da Paço, ficou completamente destruída; passando em 1758 a desenlver as suas actividades perto da actual Calçada de Estrela.

Pela Carta de Lei de 5 de Agosto de 1779, a Academia Militar da Corte é extinta, surgindo a Academia Real da Marinha.

No século XVIII, face aos desafios colocados pelos novos meios e métodos da arte de fazer a guerra, num nítido encontro entre esta e com a ciência e a técnica, urgia para os Oficiais uma melhor preparação, pois além da "bravura", da coragem e abnegação, necessitavem ser "doutos e cientes".

Por toda a Europa, emergiam há cerca de 200 anos, diversas Academias Militares. Em Portugual, pela mão de D. Maria II, surge em 2 de Janeiro de 1790 a "Academia Real de Fortificação e Desenho", que até 1837 formou Oficiais destinados à Artilharia, Engenharia, Infantaria e Cavalaria.

Até esta data, através da reestruturação feita pelo Marquês Sá da Bandeira, a Academia esteve em diversos edifícios da capital do Império e com diversas designações.

Para fazer face às exigências da longa campanha da Restauração e de conquistas dos espaços além-mar, era necessário um número de militares habilitados para o então volumoso aparelho militar, em sucessivas campanhas. Assim, D. Pedro II por decreto de 20 de Julho de 1701 cria as Academias de Província, no Alentejo, Beira e Minho.

Contudo só em 1723 por decreto de D. João V foi possível concluir o projecto anterior. Dada a redução da sua importância estas Academias foram extintas em 1779.

Em 1762, D. José I e o Marquês de Pombal, procurando tornar o seu Exército eficaz, por Alvará de 2 de Abril de 1762 foi estabelecido no Forte de S. Julião da Barra "uma aula na qual se ditem lições, e façam exercícios práticos de Artilharia três dias em cada semana, hora e meia de manhã e meia hora de tarde" como é referido naquele Alvará.

Em 1790, a Academia Real de Artilharia, Fortificação e Desenho foi instalada no edifício do Arsenal do Exército, no Campo de Santa Clara em Lisboa. Após grave incêndio nestas instalações (1793), passou a funcionar no Palácio da Regência atrás do actual Teatro D. Maria II, local onde se mateve até 1796, mudando-se então para o segundo piso do Palácio do Calhariz.

Em 1823 muda-se novamente e desta vez do Palácio do Rossio, ex-pertença do Santo Ofício da Inquisição. Em 1825 regressa ao Palácio do Calhariz e em Dezembro de 1836 passa ao Colégio dos Nobres, onde funcionava a então Academia Real da Marinha criada em 1779.

É em 12 de Janeiro de 1837 que a Academia se passa a designar de Escola do Exército e se instala em dependências cedidas para o efeito pelo Real Colégio dos Nobres, situado em parte no edifício onde funcionou a Escola Politécnica de Lisboa.

A Escola do Exército instala-se definitivamente em 1851 no Paço da Raínha (Palácio da Bemposta) ligada ao nome de Catarina de Bragança, Princesa de Portugal e Raínha de Inglaterra, viúva de Carlos II de Inglaterra.

Em 1891 procedeu-se a nova reorganização pretendendo elevar o nível científico dos Cadetes. Passou a haver Cursos de Administração Militar e foi criado o Internato em 1894.

Com a Implantação da República, a Escola do Exército passa a designar-se por Escola de Guerra. Findo o primeiro conflito mundial muda outra vez de nome passando a Escola Militar; a duração dos cursos foi aumentada e desenvolveu-se a instrução prática e o estudo das relações coloniais. Os cursos de Engenharia e Artilharia a Pé passaram a dar equiparação, respectivamente, aos de Engenharia Civil e Industrial. Pelo Decreto lei de 13 de Novembro de 1940 reorganizou-se a Escola Militar, passando novamente a designar-se por Escola do Exército. Foi criado o curso de Aeronáutica e parte do curso de Engenharia Militar veio a ser frequentado no Instituto Superior Técnico.

O Decreto Lei de 12 de Fevereiro de 1959, serviu de base a uma ampla e nova reorganização. Passa assim a denominar-se novamente Academia Militar, retomando a designação que vinha do século XVII. Criaram-se novos cursos como o de Transmissões para o Exército, o de Engenharia Aeronáutica para a Força Aérea e de Engenharia Mecânica.

Hoje a Academia Militar é um estabelecimento militar de ensino superior, integrado no sistema Universitário Português, forma os Oficiais do Quadro Permanente do Exército e da Guarda Nacional Republicana sob a divisa do seu Brasão de Armas: Dulce et decorum este Pro Patria Mori (é doce e honroso morrer pela Pátria).

A formação na Academia Militar desenvolve as qualidades de liderança e o nível intelectual, físico e moral dos alunos de modo a obter as condições necessárias para o desmpenho do serviço à Nação que caracterizam os seus formandos.